Trine Bekkby er ansatt som forsker med professorkompetanse på NIVA, Seksjon for Marin biologi. Faglige interesser omhandler marinbiologi, økosystemer og kystøkologi, spesielt variasjonen i rom (inkl. miljøforhold) og endringer i tid (inkl. effekter av klima og menneskelige arealbruksendringer). Hovedfokus er biomangfold, struktur og funksjon hos habitatbyggende arter (som tareskog, sjøgressenger og tangsamfunn), kartlegging, romlige analyser, utbredelsesmodellering, klassifisering og verdisetting - både på lokalt, regionalt, nasjonalt og internasjonalt nivå. Bekkby har jobbet som forsker siden 2001 og har i alle år hatt ledende roller i både internasjonale og nasjonale prosjekter. Hun er for tiden prosjektleder på COASTFRAG (om effekten av fragmentering og tap av økosystemer i kystsonen) og er arbeidspakkeleder for SeaBee (et infrastrukturprosjekt for bruk av droner i forskning, kartlegging og overvåking langs kysten), begge finansiert av Norges forskningsråd. Bekkby har flere veileder-, undervisnings-, foredrags- og evalueringsoppgaver. Hun er norsk medlem i ICES' arbeidsgruppe for marin habitatkartlegging (ICES WGMHM) og er medlem av det norske Blå Skog-nettverket (NBFN).