Pernilla Carlsson er forsker ved seksjon for miljøkjemi og arbeider innen blant annet analytisk kjemi og opptak av organiske miljøgifter i marine og limniske næringskjeder. Hun har spesialkompetanse om hvordan klimaforendringer og miljøprosesser påvirker opptaket av miljøgiftene i arktiske næringskjeder og innen enantioselektive analysemetoder. Carlsson arbeider hovedsakelig med tilførsel av miljøgifter fra land til elver og hav og forekomst av nye miljøgifter i Arktis. Idag leder hun prosjekter om forekomst og spredning av lakselusmidler samt utvikler løsninger for rensing av badevann fra akvakultur.