Cyanobakterier (blågrønnalger) er og har til alle tider vært en naturlig del av livet i ferskvann. Man antar at de er blant de eldste organismer på kloden, og at de derfor har hatt tilstrekkelig tid til å tilpasse seg mange typer vann. Cyanobakterier er ekstra konkurransedyktige i næringsrikt vann og fortrenger ofte andre typer alger. Under optimale betingelser kan cyanobakteriene utvikle masseforekomst. Vannet får da en grønn, blågrønn, brun eller rød farge. Dette kalles en algeoppblomstring.
